Rời khỏi làng Lá, mang theo mình bản án của một kẻ phản bội nguy hiểm, Itachi đã gia nhập tổ chức Akatsuki. Kì thực, anh đang thay mặt Hokage đệ tam và lãnh đạo làng Lá theo dõi nhất cử nhất động của tổ chức này. Trong nhóm, Itachi mang bộ mặt lạnh như băng, sẵn sàng đánh bại bất kỳ ai, nhưng luôn biết cách tránh né giao tranh khi cần thiết. Anh nhanh chóng trở thành một trong các thành viên mạnh nhất của Akatsuki, người đã đánh bại Orochimaru và khiến hắn phải tự rời nhóm, sau khi thất bại trong việc cố chiếm lấy cặp mắt Sharingan của Itachi. Cái tên Akatsuki có nghĩa là "bình minh", đây là một nhóm tội phạm cấp S được ít người biết đến, gồm các ninja đào ngũ từ các làng khác nhau, đứng đầu là thủ lĩnh Pain (Nagato) - kẻ ôm mộng thống trị thế giới bằng cách thu thập các Vĩ Thú. Tổ chức này chia thành nhiều nhóm, mỗi nhóm 2 người. Itachi cùng nhóm với Hoshigaki Kisame (Kisame nghĩa là cá mập theo tiếng Nhật)), được mệnh danh là "quái vật làng Sương Mù" và là một trong Thất Kiếm mạnh nhất của làng Sương Mù. Họ có nhiệm vụ thu phục Cửu Vĩ trong cơ thể Uzumaki Naruto, thứ mà Akatsuki thèm muốn nhất, vì chưa ai thu phục được nó cả.

Năm Itachi 17 tuổi, Hokage đệ tam qua đời sau khi dùng cả tính mạng để phong ấn toàn bộ sức mạnh của Orochimaru. Anh và bạn đồng hành Kisame lập tức đến làng Lá, ngoài miệng nói là thăm dò thông tin về Cửu Vĩ Hồ Ly, thực chất Itachi muốn gặp lại Sasuke và dằn mặt Danzou cũng như các trưởng lão làng Lá, rằng: Uchiha Itachi vẫn còn sống. Anh muốn chứng tỏ cho họ biết anh vẫn dõi theo em mình và luôn âm thầm bảo vệ nó khỏi bọn họ. Hai anh em gặp lại nhau đúng lúc Itachi và Kisame chuẩn bị bắt Naruto đi, Sasuke liền dùng Chidori tấn công Itachi nhưng bị hạ gục dễ dàng. Mặc dù Jiraiya đã xuất hiện kịp thời, nhưng Sasuke khăng khăng không cho ai xen vào trận đấu giữa anh em họ. Itachi tiếp tục diễn vai kẻ xấu, đánh em trai rất dã man, khủng bố tinh thần nó bằng Tsukuyomi và thì thầm vào tai nó: "Ngươi quá yếu là do lòng hận thù của ngươi chưa đủ." Chính câu nói này đã kích động Sasuke bỏ làng Lá, rời khỏi đội 7, bất chấp mọi lời can ngăn để đi theo Orochimaru, dẫn đến nhiều hệ lụy to lớn về sau. Sau khi nói với Sasuke những lời phũ phàng, Itachi và Kisame rút lui vì đụng phải tiên thuật cóc đá của Jiraiya, thất bại trong việc bắt Cửu Vĩ. Thậm chí Itachi buộc phải dùng tuyệt chiêu Amaterasu để thiêu cháy bức tường nội tạng của cóc đá mới thoát ra an toàn. Điều đó tiêu hao một lượng lớn chakra và làm suy giảm thị lực của anh.

Trong vụ Akatsuki đi bắt Nhất Vĩ (Gaara) ở làng Cát, Itachi đã sử dụng thuật phân thân để tạo ra bản thể giống mình, nhưng thuật chỉ có thể sử dụng 1 lượng chakra giới hạn, chặn nhóm Naruto nhằm kéo dài thời gian để Akatsuki phong ấn Nhất Vĩ. Bản thể sao chép của anh đã bị Naruto hạ gục với chiêu Oodama Rasengan.

Trước khi hẹn Sasuke quyết đấu một trận cuối cùng tại mật thất dòng họ Uchiha, Itachi đã gặp riêng Naruto và hỏi: Nếu Sasuke không chịu trở về làng Lá, ngược lại còn có ý định tấn công làng, thì giữa Sasuke và làng Lá, Naruto sẽ chọn ai? Khi Naruto trả lời rằng cậu sẽ bảo vệ làng và sẽ làm mọi cách để đem Sasuke ra khỏi con đường tội lỗi, Itachi liền mỉm cười, cấy vào cơ thể cậu một con quạ của mình. Tuy vậy, anh hi vọng sẽ không có ngày mình phải sử dụng tới con quạ ấy.[5]